Pada 17 Mei 2012, teka-teki terbesar MotoGP mengejutkan dunia jelang Grand Prix Prancis, ketika Stoner mengumumkan pengunduran dirinya dari balap pada usia 27 tahun. Padahal ia baru saja memasuki musim ketujuh di kelas premier.
Meski begitu, keputusan tersebut masih jadi subjek kebingungan hingga hari ini. Rider paling berbakat secara alami itu menjalani karier yang singkat.
Stoner debut di LCR Honda pada 2006. Ia kemudian terjun di tim pabrikan Ducati lalu memberikan kemenangan perdana buat tim Italia itu.
Stoner juara dengan 10 kemenangan dari 18 putaran. Dia terus menunjukkan bakat bersama Desmosedici di musim-musim berikutnya, setelah menjadi runner-up pada 2008 dan mencetak tujuh kemenangan. Stoner bahkan disebut pesulap karena bersinar bersama motor yang begitu sulit.
Merasa dilecehkan oleh Ducati, Stoner mengambil tempat dengan Honda, lalu meraih gelar dunia kedua 2011. Ketika itu, ia lagi-lagi mencetak 10 kemenangan.
Stoner menjalani musim sulit karena RC213V harus mengikuti perubahan regulasi pada berat dan konstruksi baru ban Bridgestone. Selain itu, ia juga diterpa masalah lengan.
Rumor pensiun sudah muncul sebelum perlombaan Estoril melalui pers Spanyol. Stoner membantah pada saat itu, tetapi ada semacam keraguan yang telah menyelinap ke dalam pikirannya.
MotoGP memperkenalkan peraturan baru CRT (Claiming Rule Teams) yang radikal, yang dalam upaya meningkatkan jumlah grid yang semakin menipis, memungkinkan rider menjalankan mesin berbasis produksi. Pada saat itu, Dorna Sports telah mengancam pabrikan dominan Honda dan Yamaha, bahwa CRT akan menjadi masa depan kelas premier. Hal itu dilakukan demi membuat kejuaraan lebih kompetitif. Tapi di sisi lain, Stoner membenci konsep motor itu.
